Croiser le faire élevage et vaccination

Published on 12 mai 2023 |

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Épizooties : élevage et vaccination, des attentes et des questions

Par Stéphane Thépot

Vacciner ou abattre ? En médecine vétérinaire, la mise au point d’un vaccin peut représenter une alternative aux abattages préventifs pour juguler les épidémies. Mais les élevages ne sont pas des « salles blanches » étanches à leur environnement. Ils dépendent aussi des marchés pour écouler leurs productions. État des lieux.

Le temps presse. Sans attendre les résultats de l’expérimentation de vaccins destinés aux canards, le ministre de l’Agriculture a annoncé le 6 avril une précommande de quatre-vingts millions de doses. Marc Fesneau veut en effet tenir son engagement d’une campagne de vaccination nationale pour l’automne 2023 contre le très virulent virus H5N1 et ses variants, rebaptisé Influenza Aviaire Hautement Pathogène (IAHP). Un calendrier annoncé le 22 décembre 2022 en guise de cadeau de Noël aux producteurs de foie gras, traumatisés par plusieurs années de flambées épidémiques et des millions d’abattages préventifs. L’empressement du ministre est un signe adressé aux deux groupes pharmaceutiques qui se sont lancés dans la course au nouveau vaccin en France.

Marc Prikazsky, le patron de Ceva santé animale, numéro un en France, n’avait pas manqué de prévenir qu’il fallait « plusieurs mois » pour lancer la production industrielle. L’entreprise, dont le siège est à Libourne (Gironde), a même tenu à souligner qu’elle avait produit dès 2018 un million de doses contre un autre variant (H5N8) de cette « grippe du poulet »… sans obtenir d’autorisation de mise sur le marché en France et en Europe. Son concurrent allemand, Boehringer Ingelheim, est dans la même situation. Son vaccin, Volvac Best, est utilisé contre le H5N1 au Mexique ou en Égypte, mais pas en Europe.

Vaccinés mais interdits à l’export

Reste que l’arme de la vaccination risque de passer du bouclier à l’épée à double tranchant. Elle peut permettre de faire face à une crise (vaccination d’urgence), fonctionner comme une sorte « d’assurance » dans les zones où l’agent infectieux est présent de façon endémique (vaccination préventive), voire faire disparaître une maladie. « La vaccination vétérinaire a permis l’éradication de la peste bovine, deuxième maladie d’origine virale à être éradiquée après la variole humaine », se félicitait Paul-Pierre Pastoret, qui a dirigé le service des publications de l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) à Paris de 2006 à 2010. Décédé en 2015, cet illustre vétérinaire belge a aussi activement contribué à la disparition officielle de la rage chez les renards dans son pays. Mais les vaccins suscitent également de multiples défiances. Et pas seulement chez les « antivax ».

Dans un article publié dans la revue « Études en agriculture et environnement »1, l’historienne Delphine Berdah raconte par le menu comment le BCG, qui a fait ses preuves contre la tuberculose chez l’homme, a été abandonné en 1964 en médecine vétérinaire au profit de l’abattage des vaches infectées par le bacille. Notamment parce que les animaux vaccinés réagissaient positivement aux tests tuberculiniques à l’instar des bêtes malades et se trouvaient, de fait, abattues.

“Une vaccination peut être perçue par certains pays comme risquant de propager le virus”

Plus récemment, pour les volailles, le PDG de Ceva santé animale se déclarait lui-même paradoxalement opposé à la vaccination contre l’IAHP en France en 2020. La raison ? « Selon la réglementation internationale, un pays n’a pas le droit d’exporter ses œufs ou sa viande de volaille s’il vaccine contre l’influenza aviaire hautement pathogène », expliquait Marc Prikazsky dans un entretien à « Ouest France ».

En effet, une vaccination peut être perçue par certains pays comme risquant de propager le virus. Vétérinaire de formation, le chef d’entreprise, qui a développé l’ancienne division santé animale de Sanofi-Aventis pour viser le cinquième rang mondial avec des implantations en Chine, en Inde ou au Brésil, partageait alors la position officielle de lAssociation Nationale interprofessionnelle de la VOLaille de chair (ANVOL). Laquelle faisait valoir qu’elle réalise un chiffre d’affaires d’un milliard d’euros à l’export. Depuis, la filière a finalement rallié l’appel au secours du CIFOG, son homologue pour la filière des palmipèdes à foie gras, à condition que les barrières sanitaires soient harmonisées en Europe.

Des vaccins font leur « Diva »

« La vaccination ne constitue que l’un des outils de lutte contre l’IAHP. La bonne application des mesures de biosécurité en élevage avicole reste le plus efficace », estime l’Anses. L’Agence nationale de sécurité sanitaire, sollicitée pour rendre un avis scientifique sur la décision du ministère de l’Agriculture, s’est prononcée le 31 mars dernier en faveur d’une stratégie de vaccination préventive, elle mais a rejeté la vaccination d’urgence.

« Vacciner des animaux en pleine période d’épizootie a tendance à augmenter les flux de personnes dans les élevages et donc les risques de faille de biosécurité », précise Caroline Boudergue, adjointe à la cheffe de l’unité d’évaluation des risques liés au bien-être, à la santé et à l’alimentation des animaux et aux vecteurs. Dans un précédent avis, rendu le 27 octobre 2022, l’agence faisait déjà valoir que la vaccination des poulets de chair standard ne présentait guère d’intérêt en raison de la courte durée de vie des volailles dans les élevages.

“La bonne application des mesures de biosécurité en élevage avicole reste le plus efficace” 

À quoi bon vacciner un oiseau destiné à partir à l’abattoir à l’âge de cinq ou six semaines, alors qu’il faut attendre trois à quatre semaines après l’injection pour que l’animal soit immunisé ? L’Anses ne retenait l’intérêt du vaccin que pour les seuls animaux reproducteurs dans les couvoirs. Les laboratoires ont par ailleurs développé des techniques permettant de vacciner « in ovo », des machines injectant directement le produit dans la coquille de l’œuf sans toucher l’embryon.

Dans ce même avis, l’agence souligne également l’importance de disposer d’un vaccin doté d’un « marqueur », pour être en mesure de distinguer un animal qui a contracté le virus « sauvage » de celui qui a été immunisé par sa copie réalisée en laboratoire. Cette méthode, propre à la pharmacopée vétérinaire, est connue sous l’acronyme anglais DIVA (Differenciating Infected from Vaccinated Animals). « Ce concept a été défini, puis mis en œuvre en Italie entre 2000 et 2008, pour la gestion d’épizooties de grippe aviaire dues à différents virus H5 et H7 faiblement pathogènes », précise l’agence. La Chine, qui vaccine systématiquement ses volailles depuis une vingtaine d’années, a d’ailleurs mis au point en 2021 un vaccin Diva inactivé de H7N9.

“La PPA n’est donc pas considérée comme pouvant dégénérer en zoonose

L’Europe a pour sa part lancé le programme de recherche Vacdiva, dans un autre secteur d’élevage : trois vaccins contre la Peste Porcine Africaine (PPA). Cette maladie virale hémorragique est la cousine de la grippe aviaire à l’échelle planétaire pour les suidés. Elle affecte les cochons domestiques comme les sangliers et a entraîné l’euthanasie de cent millions de porcs depuis son apparition en Chine en 2018. Très contagieuse, elle n’est toutefois pas transmissible à l’homme.

La PPA n’est donc pas considérée comme pouvant dégénérer en zoonose (ndlr : maladie transmissible de l’animal vertébré à l’humain), contrairement au H5N1 qui a causé la mort d’une centaine de personnes infectées, principalement au Vietnam et en Indonésie. Mais les dommages sont comparables sur le plan économique et commercial. L’épidémie prive les producteurs de revenus, quant aux pays qui ne sont pas touchés, ils préfèrent suspendre les importations pour se protéger.

Une stratégie de vaccination Diva peut ainsi permettre « d’apporter des garanties » pour lever les doutes et les barrières sanitaires, « en démontrant que les produits faisant l’objet des échanges sont issus de volailles qui, bien que vaccinées, n’étaient pas infectées », explique l’Anses. « Chaque vaccin doit être accompagné du test Diva adapté », souligne l’Agence française de sécurité sanitaire. Chaque vaccin possède ainsi une dimension action dépistage.

Tests de résistance…

Dans sa ferme, aux confins du Pays Basque et du Béarn, Florence Lataillade n’appréhende pas la notion de bénéfices-risques de la même manière que les experts de l’Anses. « Cela va faire un truc en plus », soupire la solide éleveuse du couvoir de la Bidouze. Cette petite exploitation familiale s’est spécialisée dans la reproduction de canards Kriaxera, une race rustique traditionnelle. Or, dans son avis du 30 mars, l’agence préconise de vacciner en priorité les élevages de reproducteurs, sans omettre de mentionner les « races à petits effectifs ». Mais Florence Lataillade hésite encore à faire appel à un vaccin pour protéger son cheptel demain.

“Un test PCR aurait-il pu changer la donne ?”

Fortement soutenue localement, l’éleveuse est convaincue que ses canards sont naturellement immunisés contre le H5N1 et ses variants. Pour la famille Lataillade, la cause de l’hécatombe dans les élevages serait plutôt à chercher dans la sélection de races de canards plus productifs, mais plus fragiles. Le constat empirique établi au couvoir de la Bidouze est difficile à vérifier scientifiquement car les experts considèrent que les canards peuvent être des « porteurs sains ». Les palmipèdes sont en effet souvent asymptomatiques. Quand ils présentent les signes cliniques de la maladie, ils excrètent davantage de virus que les poulets dans leurs fientes et contribuent ainsi à sa diffusion.

Un test Diva permettrait donc de distinguer le virus « sauvage » du vaccin. Florence Lataillade est toutefois lassée, à ce stade, par les analyses sérologiques à répétition pour tenter de sauver son élevage, considéré comme un foyer infectieux par l’administration. Surtout depuis que ses chers canards noirs ont fini par être euthanasiés préventivement afin que le département des Pyrénées-Atlantiques recouvre son statut de « zone indemne ». Un test PCR aurait-il pu changer la donne ?

La chimère des animaux transgéniques

La piste d’une sélection d’animaux résistants aux virus comme alternative aux vaccins n’est pas nouvelle. En 2013, le Roslin Institute d’Edimbourg (Écosse), célèbre pour avoir mis au point la brebis clonée Dolly, annonçait triomphalement avoir conçu un porc génétiquement modifié pour résister à la peste porcine africaine. « Pig 26 » ne semble toutefois pas avoir eu de descendance à la hauteur du tapage médiatique à sa naissance. L’événement allait plutôt à contre-courant de la tendance dans le secteur de production porcine, où les vaccins se multiplient sur le marché.

Nicolas Rose, expert de la santé porcine et directeur adjoint du laboratoire de l’Anses de Ploufragan-Plouzané-Niort, recense pas moins de huit types de vaccins différents pour lutter contre la longue liste des maladies qui menacent les cochons dans une filière très intensive. Une vaccination généralement présentée comme un bon moyen de limiter le recours aux antibiotiques contre les infections bactériennes. Les vétérinaires et les laboratoires développent même la technique des « autovaccins », préparés à partir de germes prélevés sur un animal malade dans un élevage, en l’absence de vaccin disponible dans le commerce.

Mais revenons à « Pig 26 ». Dans les porcheries les plus performantes, on est passé en quelques années de douze à seize porcelets sevrés par truie, ainsi que le souligne Nicolas Rose, mais de telles performances génétiques et sanitaire ne renvoient pas pour autant les porcs OGM au rang de chimères. Dernier avatar de « Pig 26 » ? Une société américaine vante sur catalogue une race génétiquement modifiée présentée comme résistante à la « maladie de l’oreille bleue ».

L’ARN, bien avant la Covid-19

Quant au futur vaccin annoncé par Ceva Santé pour immuniser les canards, très attendu, il possède une particularité amplement commentée durant la pandémie de la Covid-19. Il n’est en effet pas préparé avec un virus atténué ou inactivé mais, comme les nouveaux vaccins apparus à l’époque, il est conçu d’après l’ARN du virus. Grâce au séquençage haut débit, le génome d’un virus émergent peut être rapidement décodé sans avoir à manipuler des agents pathogènes, applaudit André Jestin.

Ancien conseiller technique du directeur de l’Anses, il signale dans le « Bulletin de l’Académie vétérinaire de France » que les débouchés pour la santé animale avaient une longueur d’avance dans le domaine. Un premier vaccin à base d’ADN mis au point par Pfizer a été autorisé en 2005 aux États-Unis pour protéger les chevaux contre l’épidémie de la fièvre du Nil. Un autre a suivi la même année pour les saumons d’élevage au Canada. Deux vaccins ARN ont ensuite obtenu des autorisations en 2015 outre-Atlantique, pour être testés sur des poules pondeuses contre la grippe aviaire et sur des truies contre un coronavirus provoquant des diarrhées.

Vaccination obligatoire, vectrice de rumeurs

Plus que le mode d’obtention du vaccin, c’est sa future administration qui fait tiquer Sylvie Cola, elle qui milite depuis le début de l’épidémie pour la sauvegarde des élevages de plein air. Cette syndicaliste agricole ne se définit pas comme « antivax ». « On vaccine déjà nos poulets contre d’autres maladies », dit cette éleveuse de volailles en plein air de Lectoure. Mais elle redoute avant tout « un coût prohibitif » pour les petits élevages comme le sien. « Nous ne voulons surtout pas de vaccination obligatoire », prévient la militante de la Confédération paysanne.

La revendication d’une « liberté vaccinale » a émergé à l’occasion d’une flambée de fièvre catarrhale ovine (FCO) en France et en Europe à partir de 2006. Cette maladie dite « de la langue bleue » est endémique en Afrique. Elle touche principalement les moutons et les petits ruminants. Son vecteur est un moucheron, qui transmet le virus par piqûres. L’épidémie a créé la surprise en s’attaquant aussi aux bovins, et en arrivant à la fois par le sud et par le nord de l’Europe. La France a décidé de rendre la vaccination obligatoire entre 2008 et 2010.

“Mais elle redoute avant tout « un coût prohibitif » pour les petits élevages comme le sien”

« La décision a été prise pour permettre de poursuivre les exportations de bovins », soupçonne Sylvie Colas, une opinion largement partagée à la Confédération paysanne et chez les éleveurs en agriculture biologique. Sur ces soupçons, un anthropologue a mené une enquête de terrain de deux semaines entre Aveyron et Lozère, en juillet 2010, auprès d’éleveurs et de vétérinaires qui ne partageaient pas la même analyse sur la nécessité de vacciner les brebis.

Le travail de Frédéric Keck, publié dans la revue « Genèses »2, est d’autant plus intéressant qu’il compare la situation dans le bassin laitier de Roquefort avec le large refus du personnel hospitalier de se vacciner contre la grippe A (H1N1) en 2009. Il analyse le rôle des rumeurs dans les arguments contradictoires échangés. « Celles-ci mettent en doute l’origine et les effets du vaccin dès que l’État apparaît comme un simple opérateur de distribution pour des produits pharmaceutiques répondant à des logiques de profit », constate Frédéric Keck.

Le prix de l’injection

Vétérinaire installée à Argences-en-Aubrac, Murielle Vabret ne constate pas de défiance particulière envers les vaccins auprès des éleveurs de bovins du nord de l’Aveyron, bastion de la FNSEA. Élue locale, elle souligne que les agriculteurs locaux ont d’ailleurs plutôt mieux accueilli le vaccin nouvelle génération contre la Covid-19 que le reste de la population. « La Covid, on l’avait déjà vécue chez nous avec la FCO », dit la vétérinaire qui se souvient des longues semaines d’attente d’un vaccin adapté contre « la maladie de la langue bleue ». Il est finalement arrivé « en un temps record », apprécie la vétérinaire de l’Aubrac.

Pas moins de neuf vaccins différents ont bénéficié d’une autorisation temporaire d’utilisation pour lutter en urgence contre les différents sérotypes du virus. Aucun ne dispose encore à ce jour d’une autorisation de mise sur le marché définitive. Entièrement prise en charge par l’État, la facture de la vaccination obligatoire s’est élevée à 170 millions en 2008, rapporte Frédéric Keck. Si son caractère obligatoire a cessé en 2010, cette levée n’a pas signé la fin de la vigilance. Car la maladie n’a pas été éradiquée, des foyers sont régulièrement signalés en France. « L’efficacité de la vaccination ne sera totale que si 80 % du cheptel bovin, ovin et caprin est vacciné », souligne « Le Bulletin de la Société Nationale des Groupements Techniques Vétérinaires » (SNGTV).

“On ne vaccine pas des milliers de canards dans un élevage comme quelques centaines de truies”

Nicolas Rose


Ainsi, le vaccin reste obligatoire pour exporter les veaux vers l’Italie, premier débouché de la filière bovine en Aveyron, signale Murielle Vabret. Les deux injections nécessaires sont désormais à la charge des éleveurs. Forcément, ça fait tousser. Les producteurs ovins sont les plus remontés contre le prix des vaccins commercialisés en France. La fédération nationale envisageait d’ailleurs, en 2011, d’acheter elle-même des doses en Espagne pour protester contre des prix hexagonaux jugés abusifs. Pour répondre aux critiques accusant les laboratoires et les vétérinaires de « s’en mettre plein les poches », le gouvernement, à la demande du SNGTV, a autorisé les éleveurs à pratiquer eux-mêmes les injections.

Car le prix du vaccin, mais aussi son efficacité, peut varier en fonction de son mode d’administration. « On ne vaccine pas des milliers de canards dans un élevage comme quelques centaines de truies », souligne Nicolas Rose à l’Anses. L’agence souligne dans son avis du 30 mars que « les moyens humains, matériels, financiers et temporels pourraient être des facteurs limitants pour la mise en œuvre d’une stratégie vaccinale à l’automne 2023, notamment pour des vaccins injectables ».

L’appât de l’immunité

Mais quid de la faune sauvage, souvent point de départ des zoonoses ? En l’occurrence, c’est la vaccination orale qui a été expérimentée avec succès, en premier lieu pour vacciner les renards contre la rage. Le Raboral, un vaccin atténué recombinant, mis au point via la transgénèse par le laboratoire français Rhône-Mérieux dès les années 1980, a été diffusé à grande échelle, la décennie suivante, par hélicoptère sous forme d’appâts, en France et en Belgique. Une distribution qui marche aussi très bien pour vacciner les sangliers contre la peste porcine dans les Vosges du Nord, indique Nicolas Rose.

Quant aux blaireaux, accusés d’être vecteurs de la tuberculose bovine, leur immunisation devrait être expérimentée pendant trois ans dans la région Nouvelle-Aquitaine. La région concentre en effet la majorité de la centaine de foyers détectés chaque année dans les élevages. Mais l’enjeu est national. Il s’agit de conserver le statut « indemne » de la France, reconnu depuis 2001. Il est aussi émotionnel. À la suite d’une campagne nationale des associations environnementalistes contre le déterrage des blaireaux, l’Office français de la biodiversité, qui a testé en Côte-d’Or cette pratique importée du Royaume-Uni, reconnaît « la limite opérationnelle et éthique du piégeage ».

D’un autre côté, l’émotion suscitée par le dernier documentaire d’Édouard Bergeon a reçu une réponse parallèle. Le réalisateur a filmé le désespoir d’un éleveur du Béarn dont le troupeau de vaches, détecté positif à la tuberculose, a été entièrement abattu. Ce type de mesures radicales devrait diminuer : le ministère de l’Agriculture annonce en effet vouloir limiter le nombre d’abattages d’animaux suspects, grâce à de nouveaux tests à « interféron gamma ». Cette nouvelle technique de dépistage, associée à des abattages sélectifs, a été expérimentée avec succès depuis une dizaine d’années pour les 32 000 taureaux de combats en Camargue.

Un modèle informatique pour évaluer l’efficacité des stratégies de vaccination

Spécialisé dans la recherche agronomique pour les régions tropicales, le Cirad peaufine depuis 2013 un outil informatique pour évaluer le rapport coût-bénéfice des stratégies de vaccination ou d’abattage préventif des poules pondeuses et des poulets de chair, face aux différents virus de l’Influenza Aviaire (IA). Le modèle, baptisé Evacs, a été expérimenté en 2015 en Égypte avant d’être déployé au Vietnam et au Bangladesh, en partenariat avec l’entreprise Ceva santé animale. Une thèse, soutenue le 1er avril 2021 par une doctorante en contrat Cifre, examine pour la première fois l’application d’Evacs en France.

« Lorsque l’outil a été appliqué au Bangladesh, les élevages ont été regroupés en fonction de leurs niveaux d’industrialisation et d’intégration et de leur taille. Cette classification n’était pas pertinente pour les élevages français, pour lesquels les critères pris en compte étaient le niveau d’intégration et le mode de production (en claustration ou en plein air), leur taille n’étant pas un critère de sélection », précise Claire Hautefeuille.

L’analyse du réseau a dû être adaptée à l’intégration horizontale des élevages

Vétérinaire de formation, la chercheuse a travaillé pendant deux ans à l’Anses pour coordonner les études sur l’impact de la faune sauvage dans les élevages. Sa thèse en épidémiologie se penche cette fois sur « les réseaux de production de volailles en lien avec les mobilités humaines, matérielles et animales ». Le Sud-Ouest ou l’Ouest de la France ne sont effectivement pas comparables à l’Asie du Sud-Est, où de nombreux petits élevages villageois de subsistance en « basse-cour » cohabitent avec de grands bâtiments intensifs en claustration totale.

La France, elle, a développé des filières d’élevage en plein air pour un marché de produits vendus sous label, en bio comme en conventionnel. « L’analyse du réseau a dû être adaptée à l’intégration horizontale des élevages (autour d’un producteur d’aliment), alors que les filières étudiées jusqu’à présent portaient essentiellement sur des filières avec des élevages intégrés verticalement [ndlr : production, transformation, et distribution] », expose Claire Hautefeuille.

Risques plus faibles en plein air

Bousculant les idées reçues, la thèse souligne que « le risque de transmission entre les élevages de reproducteurs et les élevages de production en claustration n’était pas négligeable, contrairement à ce qui pouvait être attendu, compte tenu de leurs modes d’élevage très différents ». Le modèle Evacs conclut même à un risque de transmission plus faible entre élevages en plein air qu’entre élevages de poulets de chair en claustration intégrés au sein de la même organisation de production. « Bien que les élevages de reproducteurs soient considérés comme des élevages à haut niveau de biosécurité, le risque de transmission entre élevages de reproducteurs est équivalent à celui estimé entre élevages de poulets de chair en plein air », constate Claire Hautefeuille.

Le modèle Evacs doit encore être « spatialisé » pour produire des cartes de gestion des risques à l’échelle locale. Et le séquençage génétique des différentes souches de virus IA permettrait de savoir si tel ou tel type d’élevage est une source privilégiée d’introduction virale dans le réseau, souligne la thèse.« Ces données sont essentielles pour définir notamment les rôles respectifs des élevages villageois (extensifs) et industriels (intensifs) dans la circulation, l’amplification et l’émergence de nouveaux sous-types. Ces études restent encore très limitées alors que les élevages villageois sont toujours pointés du doigt dans certains pays lorsqu’une épidémie d’IA se diffuse. »

Claire Hautefeuille poursuit ses recherches en post-doc au sein de l’équipe Astre, une unité mixte de recherche du Cirad et d’Inrae, dans le cadre du projet BioFluARN. Les études sont étendues aux risques d’introduction du virus de la grippe dans les filières porcines.

LIRE AUSSI :

  1. « La vaccination des bovidés contre la tuberculose en France, 1921-1963 : entre modèle épistémique et alternative à l’abattage », dans Revue d’études en agriculture et environnement, 2010. https://www.persee.fr/doc/reae_1966-9607_2010_num_91_4_1994#reae_1966-9607_2010_num_91_4_T1_0408_0000
  2. « Vaccinés comme des bêtes ? », dans Genèses n° 91, 2013. https://www.cairn.info/revue-geneses-2013-2-page-96.htm#no2

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