Quel heurt est-il ?

Published on 5 mai 2021 |

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[Covid, croyances et récits] Microbes : comment se fabriquent les récits ?

Par Sylvie Berthier et Valérie Péan

De Pasteur à aujourd’hui, le regard sur les virus et les bactéries n’a cessé de changer, au gré de logiques scientifiques, sanitaires, économiques et politiques. Récit à deux voix avec Charlotte Brives, anthropologue des sciences et de la santé, CNRS-centre Emile-Durkheim, et Thierry Wirth, microbiologiste, évolutionniste au Muséum national d’histoire naturelle/École pratique des hautes études.

Avez-vous été surpris par le surgissement de cette pandémie ? 

Thierry Wirth : J’ai été surpris par son ampleur planétaire, avec plus de 130 millions de personnes touchées, y compris les Européens et les Nord-Américains, jusque-là peu sujets à ce genre d’événements épidémiques. Rappelons qu’en 2020 la Covid-19 a tué plus de deux millions de personnes et est devenue ainsi le premier pathogène mondial devant la tuberculose – un million et demi de morts chaque année –, la malaria et le sida. C’est le killer number one. Et ce n’est hélas pas fini… 

Charlotte Brives : Me concernant, la surprise est plutôt venue de l’ampleur des dysfonctionnements dont on n’avait pas conscience. La marche à flux tendu de notre société a soudain été rendue visible, révélant les fragilités auxquelles elle nous expose.

Charlotte Brives

Ce virus provoque des réponses très différentes selon les individus, ce qui ajoute à l’incertitude.

C. B. : C’est vrai de tous les virus. La réponse du corps humain à un pathogène dépend de l’état général physiologique, de facteurs génétiques, socioéconomiques… Ainsi, aux États-Unis par exemple, ce sont les populations noires américaines qui semblent les plus touchées. Les chiffres disponibles en France montrent également de fortes disparités en fonction de la qualité des infrastructures sanitaires locales, des catégories socioprofessionnelles, des conditions de logement, etc. Disons que ces vulnérabilités sont rendues d’autant plus visibles que le monde est devenu un laboratoire à ciel ouvert et que nous disposons d’une quantité importante de données. 

Pourriez-vous retracer à grands traits l’histoire des relations entre les hommes et les microbes en Occident ? De Pasteur au microbiote, y a-t-il eu un changement de regard sur ces « petites vies » forcément mauvaises qu’il fallait éradiquer ?

C. B. : Dans la deuxième moitié du XIXe siècle, le développement de la microbiologie avec entre autres les travaux de Louis Pasteur et de Robert Koch débouche sur la théorie des germes. Pour simplifier, un germe égale une maladie, une causalité qui guidera une grande partie de la santé publique du XXe siècle. Le microbe, alors considéré comme forcément mauvais, est combattu jusqu’à l’outrance, par l’hygiène et l’asepsie à grand renfort d’antibactériens. Puis, pour aller vite, au début du XXIe siècle, l’essor de la métagénomique, qui va permettre un séquençage massif, met en lumière ce que certains savaient déjà, à savoir que les microbes sont partout et qu’il y en a de « bons », par exemple dans le microbiote intestinal. Mais ce qui est un peu gênant dans ce grand récit c’est qu’il masque le décalage entre la production des savoirs et leur utilisation. En effet, dès l’origine, les connaissances en écologie microbienne ou en épidémiologie ont produit des conceptions beaucoup plus subtiles que la seule vision un microbe/une maladie. Prenons Pasteur. Certes, il est le père de la vaccination et de l’hygiénisme mais il avait conscience du fait que l’humain ne peut pas vivre sans microbes. Ce qui est moins connu c’est qu’il a travaillé sur les fermentations à la demande d’industriels, de la bière notamment, qui rencontraient des problèmes avec « leurs » micro-organismes. Ses recherches ont donc été guidées par des intérêts socioéconomiques et politiques. 

Même si, actuellement, nous mettons la focale sur les pathogènes et la santé publique – c’est légitime, il faut les traiter –, ce grand récit des méchants microbes est en train de changer, pour des raisons extrêmement complexes, qui ne tiennent pas uniquement à l’irruption du microbiote. Pour comprendre l’histoire du XXe siècle, mais aussi dans le contexte actuel d’une épidémie, il est donc nécessaire de prendre en compte l’articulation entre des logiques scientifiques, sanitaires, économiques et politiques. 

T. W. : Déjà, passer de la théorie des miasmes à la révélation physique des bactéries a constitué un saut majeur, semblable au passage de l’alchimie au XVIIe siècle à la chimie moderne de Lavoisier. La découverte du BCG au début du XXe siècle est le premier pas vers la maîtrise des bactéries. Le deuxième c’est la découverte des antibiotiques par Alexander Fleming, en 1928, et leur démocratisation dans les années 1950. Voilà pour les grandes avancées. Après, il y a les grandes rechutes : l’apparition des souches bactériennes multirésistantes, comme c’est le cas pour la tuberculose ou le staphylocoque doré qui résistent de plus en plus aux antibiotiques. Et puis, il y a l’émergence des zoonoses, les perturbations de l’environnement, les ruptures écologiques, dont le VIH a constitué un triste summum en 1984. 

Quant au retournement du regard sur les microbes, par exemple en matière de flore intestinale, on doit aussi beaucoup à Craig Venter qui a lancé dans les années 2004-2006 une expédition océanique pour échantillonner toute la diversité microbienne de la colonne d’eau, permettant quasiment de quintupler l’information disponible dans les banques de données mondiales (Gene bank), notamment sur les procaryotes. Souvent, des recherches sur des thématiques environnementales viennent enrichir celles relevant du monde de la santé. Enfin, dernier saut quantique dont il faut impérativement parler, les fameux ciseaux génétiques (CRISPR) issus de la recherche sur les bactéries, découverts notamment par la Nobel française Emmanuelle Charpentier et qui ont révolutionné l’ingénierie génétique1.

Depuis longtemps, le grand récit régnant en Occident est celui de notre domination de la nature, d’une conception du vivant extrêmement cloisonnée. Tous ces nouveaux savoirs ne viennent-ils pas infléchir nos manières de penser ? 

C. B. : Là encore, il y a un décalage entre la production des savoirs et la manière dont ils vont circuler en société. Il y en a un très bel exemple : dès les années soixante, Lynn Margulis a avancé que les mitochondries qui nous permettent de produire de l’énergie sont issues d’anciennes bactéries. En théorisant l’endosymbiose (une symbiose où l’un des deux organismes se retrouve contenu dans l’autre), elle a essuyé beaucoup de critiques et de scepticisme avant que la preuve soit faite qu’elle avait raison. De même, prenons les récits épidémiques. À grands traits, ils fonctionnent en trois temps : l’émergence d’un virus qui, tapi au fond de la jungle, attendrait quelqu’un pour lui sauter dessus ; puis sa diffusion, parfois foudroyante ; enfin la résolution de l’épidémie, soit grâce à la découverte d’un traitement soit par une perte de virulence au fil du temps. Ces récits ont des effets impressionnants sur le type de mesures mises en œuvre. Ils empêchent d’envisager des façons de gérer une épidémie autres que l’affirmation des frontières corporelles et étatiques ou le traitement et la vaccination. Quant au modèle de domination de la nature par l’homme, quand bien même les récits alternatifs montent en puissance, la façon dont ils peuvent s’incarner par des changements sociaux, économiques et politiques est beaucoup plus compliquée. De ce point de vue, je ne suis pas particulièrement optimiste sur la vitesse de transformation et ses conséquences.

À bas bruit, on a le sentiment que, dans certains milieux, on passe du discours de l’éradication du virus à celui du « faire avec ». Penser les interactions plutôt que l’élimination, n’est-ce pas là le tournant majeur à venir ?

T.W. : « Faire avec » c’est une sorte de bon sens écologique, une forme de sagesse si l’éradication est exclue. Après un certain temps, de nouveaux équilibres naturels se mettent en place. Qu’est-ce que l’immunité collective ? C’est le vaccin du pauvre, avec un coût élevé en termes de mortalité. Par ailleurs, l’interaction entre un pathogène et son hôte évolue. Les bactéries et les virus mutent, ils s’adaptent à l’hôte et réciproquement. Une coévolution qui entraîne des changements parfois assez marqués, d’un côté vers l’atténuation de la virulence et de l’autre vers une augmentation de la résistance de l’hôte. Je pense à la syphilis : les premières infections au XVIe siècle s’accompagnaient de lésions monstrueuses, qui ont quasiment disparu aujourd’hui. Et pourtant c’est la même maladie. Simplement, en quelques centaines d’années, la bactérie et son hôte ont eu une trajectoire en ce sens.

Thierry Wirth

Quant à vouloir éradiquer les bactéries ou les virus potentiellement pathogènes, c’est un peu illusoire car fondé sur une vision anthropocentrée. Or, la plupart du temps, l’homme n’est pas le réservoir naturel de ces microbes, il n’en constitue qu’une niche occasionnelle, souvent accidentelle. Regardez la peste. La majeure partie des gens pense qu’elle a disparu, mais c’est faux, elle existe encore un peu partout, chez les chiens de prairie en Amérique du Nord, les rats à Madagascar… et elle resurgit de temps en temps chez l’homme suite à des piqûres de puces. 

C.B. : Il nous faudrait non pas « faire avec », mais « vivre avec ». On l’a bien vu avec l’antibiothérapie : vouloir éliminer à tout prix, en préventif comme en curatif, crée un nouveau problème, en l’occurrence l’antibiorésistance. Comme le dit l’historienne des sciences Hannah Landecker, nous avons les bactéries que les savoirs microbiologiques de la seconde moitié du XXe siècle ont contribué à créer. Et les bactéries d’aujourd’hui n’ont plus rien à voir avec celles d’avant l’irruption des antibiotiques. Point positif, cela nous aide à conceptualiser le côté extrêmement relationnel du vivant. Quelles relations acceptons-nous et lesquelles refusons-nous ? Les questions à se poser sont tout autant scientifiques que politiques.

T.W. : Le récit scientifique des bactéries connaît d’énormes changements. Il y a encore trente ans, il se résumait au fait qu’elles se divisaient par scissiparité, c’était l’époque du tout clonal. Même chose pour les virus. Peu à peu, on s’est rendu compte que les bactéries et les virus recombinent, avec des transferts horizontaux de gènes entre espèces. Le monde microbien est désormais vu en réseau. Ainsi, les nouvelles versions du SARS-CoV-2 sont le fait de recombinaisons génétiques avec d’autres virus de la même famille. Même si vous éliminez un virus, il est donc fort probable que certains de ses gènes demeurent présents dans d’autres populations virales. C’est l’histoire du vivant : Néandertal n’a pas disparu au sens strict, puisque chacun de nous possède aujourd’hui encore près de 2 % de ses gènes. 

Justement, certains disent qu’un virus n’est pas un organisme vivant puisqu’il a besoin d’un hôte pour se reproduire, se répliquer…

C.B. : Il n’y a pas un seul organisme sur terre qui soit capable de se reproduire tout seul ! Même les plantes entrent en symbiose avec des bactéries et des champignons. En fait, les virus sont plutôt les symbiotes ultimes : des êtres qui n’existent que dans la relation. 

T.W. : Je suis évolutionniste de formation, j’ai un peu la même vision que Richard Dawkins : est vivant tout ce qui est évolutivement pertinent et qui se réplique. C’est le cas des virus. 

Mais ces virus n’ont-ils pas un statut particulier dans le monde microbien ?

C.B. : La connaissance du monde viral est encore très lacunaire, y compris pour des raisons techniques, puisque décrypter le génome d’un virus reste très compliqué du fait des mutations permanentes. Je travaille principalement sur les virus bactériophages (dits « phages »), qui ne pénètrent que dans des bactéries. Inoffensifs pour les humains, ils commencent aujourd’hui à être utilisés pour soigner des infections bactériennes résistantes aux antibiotiques. Ces phages sont une sorte d’alliés dans la thérapie. Depuis une quinzaine d’années, les choses bougent beaucoup en Europe dans ce domaine. Ce qui est intéressant, c’est qu’ils nous amènent à concevoir la multiplicité des relations entre un virus et son hôte : ainsi, ils peuvent se servir des bactéries pour se reproduire mais peuvent aussi s’intégrer dans le génome bactérien, pour lui permettre de s’adapter extrêmement rapidement à l’environnement. Ils jouent là le rôle d’immenses brasseurs de gènes. Enfin, quand ils sont pathogènes pour les bactéries, ils conduisent à leur destruction, c’est aussi bénéfique : cela rend disponible de la matière organique et des éléments comme le carbone, l’azote, le phosphore, etc. Ces composteurs du monde jouent un rôle écologique fondamental.

T.W. : C’est vrai, ces phages jouent un rôle majeur. Ce sont des médiateurs globaux. Par exemple, ce sont des phages qui ont médié la distribution du gène de la protéorhodopsine dans différents phyla. Ce dernier permet aux bactéries d’utiliser la lumière afin d’activer des pompes à protons et de synthétiser de l’ATP (molécule clef de l’énergétique cellulaire). 

Par ailleurs, il ne faut pas toujours voir les virus et les bactéries comme des ennemis. Ils jouent un rôle essentiel dans le maintien des écosystèmes et l’homéostasie des systèmes vivants. Ils étaient là bien avant nous et seront là après nous. Sauf que, dans notre inconscient collectif, demeurent les stigmates de millions de victimes de la peste médiévale. Rien qu’à Londres en 1348, quarante pour cent des habitants ont péri des suites de la maladie. 

Pour mieux se préparer à une prochaine pandémie, quelles leçons tirer de cette crise ? Qu’a-t-on réussi, qu’a-t-on raté ? 

T.W. : Dans les réussites, la première chose absolument remarquable, c’est la disponibilité des données scientifiques sur le génome du SARS-CoV-2, très vite générées, disponibles sur les plates-formes, l’accès gratuit à des publications d’ordinaire payantes. Autre succès, celui des vaccins produits en un temps record. Je soulignerai en passant que le PDG de Moderna Therapeutics (qui a produit un des vaccins) est un Français, parti aux États-Unis. Dans les ratés, c’est un florilège. Une fermeture tardive des frontières avec une communication erratique sur les masques ; une campagne vaccinale poussive ; l’absence de verticalité dans les décisions de santé. Dans beaucoup de pays très performants, les meilleurs scientifiques et industriels pharmaceutiques ont été rapidement identifiés. Ils se sont vus réunis autour d’un projet commun et une manne budgétaire significative. Les Anglais ont donné vingt millions de livres sterling aux meilleures équipes d’Oxford, de Cambridge, de l’Imperial College pour séquencer les génomes. Résultat des courses, aujourd’hui on compte plusieurs centaines de milliers de génomes séquencés au Royaume-Uni pour seulement une dizaine de milliers en France. Nous, nous excellons dans la diversification des structures et des baronnies, nous multiplions les appels d’offres et saupoudrons les aides. Pour preuve, une carence inquiétante de souches mulhousiennes, qui ont pourtant joué un rôle cardinal dans la pandémie française. On aurait dû commencer par là : un centre unique de séquençage au niveau national, avec des moyens substantiels. Et que dire de notre budget recherche et développement ? La sixième puissance mondiale met 2,2 % de son PIB, alors que la moyenne mondiale est de 2,27 %. L’Allemagne est à plus de 3 %. Enfin, il faudrait rétribuer décemment nos infirmiers, nos médecins, nos chercheurs. La plupart des normaliens recrutés en thèse, s’ils en font une, partent dans le privé, et ils ont raison. Bref, je crains que nous ne soyons pas mieux préparés… 

C.B. : Il y a une dégradation complète de la recherche, des services publics en général. De plus, les individus ne réagissant pas tous de la même manière au virus, il ne peut pas y avoir de solution miracle et unitaire. D’un côté il y a une prouesse pour produire des vaccins, de l’autre il aurait fallu casser le système des brevets, en faire un bien commun pour que toutes les structures de production s’en emparent afin de vacciner massivement. C’est un choix politique. Il faudrait réinvestir très massivement dans le système de santé publique afin d’absorber les vagues de patients, car les soignants sont au bout du rouleau. Afin également que l’ensemble de la population puisse jouir de la même prise en charge de qualité. C’est ici un principe d’égalité qu’il faut réaffirmer. Il y a comme une normalisation du nombre de morts quotidiens. C’est très effrayant. Si on considère encore que cela coûte trop d’argent d’investir dans les systèmes publics, demandons-nous combien cela nous coûte économiquement de confiner et de mettre en place des couvre-feux.

  1. https://revue-sesame-inrae.fr/crispr-cas9-surtout-ne-pas-couper-court-au-debat/

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2 Responses to [Covid, croyances et récits] Microbes : comment se fabriquent les récits ?

  1. Pingback: Histoire des croyances sur les virus et bactéries | Mines2Doc

  2. gilbert espinasse says:

    Bravo pour ces présentations qui paraissent enfin sortir du tout banal.
    J’avais lu, il y a déjà longtemps, que Pasteur était quelqu’un d’intéressé par l’argent et le pouvoir ( comme tous les hommes !), donc s’il a découvert des principes utiles au monde,il n’a jamais eu la science infuse et toute la Vérité. Il était d’ailleurs critiqué (normalement) par certains de ses congénères dont Antoine Béchamp qui disait : »le microbe n’est rien, c’est le terrain qui est tout « ….
    Je ne suis pas chercheur en médecine mais » chercheur terrien » et mon observation m’a montré combien cette déclaration était sensée. N’essayons pas de faire le vide microbien, car nous n’y arriverons jamais (à moins d’anéantir la vie sur la terre !). Portons nos efforts sur l’état de notre terrain et là, il y a tant à faire !, mais avec la garantie d’avoir un mieux à la sortie. Essayons d’avoir une biodiversité microbienne maximale et, ainsi, l’équilibre se rétablira naturellement et durablement.
    Hélas, pour notre monde « moderne », nous en sommes encore à l’opposé et il ne faut pas être trop surpris par des situations actuelles.
    Que va t’il rester quand le Covid va s’éloigner ? Quelles potentialités de défense naturelle va t’il rester à nos vaccinés ? Serons nous mieux préparés pour de nouvelles attaques ? pourtant inéluctables ..
    Toute la vision de la vie et du vivant est à revoir ! mais qui aura le courage de sortir des sentiers battus ? Attendrons-nous, encore une fois, d’avoir de l’eau jusqu’aux narines pour réagir ?

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